สงครามโลกครั้งที่ 2 แผ่เข้ามาถึงประเทศไทยในปลายปี 2484 หลังจากญี่ปุ่นขอยกทัพผ่านดินแดนไทยไปโจมตีดินแดนที่ฝ่ายอังกฤษยึดครอง และให้หลังเพียงเดือนเศษ คือวันที่ 25 มกราคม 2485 รัฐบาลจอมพล ป. พิบูลสงคราม ได้ประกาศสงครามกับอังกฤษและสหรัฐอเมริกา ทำให้แต่นั้นมากองทัพอากาศสัมพันธมิตรก็มาโจมตี ทิ้งระเบิดในไทยทั้งกรุงเทพฯ และต่างจังหวัด ราษฎรต้องอพยพไปต่างจังหวัดบ้าง ต้องขุดหลุมหลบภัยบ้าง คอยฟังเสียงหวอเตือนภัยบ้าง โดยที่ยังไม่ต้องกล่าวถึงสภาพความเป็นอยู่ที่ยากลำบากในช่วงสงคราม สินค้าต่างๆ หายาก ทั้งยังมีราคาแพง
สมเด็จพระศรีสวรินทิราบรมราชเทวี พระพันวัสสาอัยยิกาเจ้า นับเป็นสมเด็จพระนางเจ้าพระองค์สุดท้าย ในพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ที่ทรงพระชนมายุยืนยาวจนได้ทอดพระเนตรสงครามโลกทั้ง 2 ครั้ง ทรงเป็นพระชนนีของสมเด็จฯ เจ้าฟ้ามหิดลอดุลยเดช กรมหลวงสงขลานครินทร์ ซึ่งต่อมาได้เฉลิมพระนามเป็น สมเด็จพระมหิตลาธิเบศร์ อดุลยเดชวิกรม พระบรมราชชนก ในห้วงเวลาของสงครามโลกครั้งที่ 2 สมเด็จพระพันวัสสาฯ จึงมีศักดิ์เป็น “พระอัยยิกา” ของสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวอานันทมหิดล
เวลานั้น “นายปรีดี พนมยงค์” นอกจากจะเป็นผู้สำเร็จราชการแทนพระองค์ฯ แล้ว ยังเป็นหัวหน้าขบวนการเสรีไทยด้วย คนจำนวนไม่น้อยคลางแคลงสงสัยในความจงรักภักดีของนายปรีดีต่อสถาบันพระมหากษัตริย์ เนื่องจากเขาเป็นแกนนำคนสำคัญของคณะราษฎร เป็นผู้เขียนประกาศคณะราษฎร และร่างรัฐธรรมนูญฉบับแรกที่ประกาศว่า “อำนาจสูงสุดของประเทศนั้นเป็นของราษฎรทั้งหลาย” แต่การที่นายปรีดีถวายความปลอดภัยแด่สมเด็จพระพันวัสสาอัยยิกาเจ้านี้ เป็นพยานหลักฐานสำคัญ ที่แสดงให้ปรากฏถึงความจงรักภักดีต่อสถาบันพระมหากษัตริย์
เมื่อสมเด็จพระพันวัสสาอัยยิกาเจ้า ทรงทราบเรื่องว่าไทยยอมให้ญี่ปุ่นเดินทัพผ่านไ“สู้อังกฤษไม่ได้หรอก เรื่องจะไปตีสิงคโปร์ พระพุทธเจ้าหลวงท่านเคยรับสั่ง อังกฤษไม่ยอมดอก”ปตีมลายูของอังกฤษนั้น ตรัสว่า
ครั้นการทิ้งระเบิดมีมากขึ้น จึงมีการจัดที่หลบภัยถวายภายในวังสระปทุม โดยทางวังสระปทุมนั้นใช้ใต้ถุนตำหนักจัดเป็นที่หลบภัยถวาย แต่สมเด็จฯ เข้าไปเพียงครั้งเดียวแล้วไม่ยอมไปอีกเลย ตรัสว่า “อึดอัด หายใจไม่ออก” ทางวังจึงจัดที่ประทับให้หลบภัยไว้ที่ชั้นล่าง ทรงรำคาญพระราชหฤทัยมากทุกคราวที่ทรงได้ยินเสียงสัญญาณเตือนภัยทางอากาศ ที่ทรงรำคาญมากที่สุดก็คือการต้องดับไฟมืดสนิท อนึ่ง บนหลังคาพระตำหนักได้ทาสีขาวแดงเป็นกากบาทไว้ เพื่อเป็นเครื่องหมายให้เครื่องบินทิ้งระเบิดทราบว่า ไม่ควรทิ้งระเบิดบริเวณนี้ด้วย
สมเด็จพระพันวัสสาอัยยิกาเจ้า ทรงทอดอาลัยในพระชนม์ชีพ ไม่ทรงกลัวลูกระเบิด ด้วยเหตุ 3 ประการ คือความฉุกเฉินวุ่นวาย ความว้าเหว่ ความน้อยพระราชหฤทัยในเหตุการณ์บ้านเมือง ทำให้ถึงกับออกพระโอษฐ์ว่า “เมื่อไหร่ฉันจะตายเสียที” ระหว่างสงคราม คราวหนึ่งตรัสถามผู้ที่เชิญเสด็จให้มาหลบภัยยังชั้นล่างของที่ประทับว่า “หลานๆ อยู่ที่ไหนล่ะ” ซึ่งหมายถึงสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว สมเด็จพระเจ้าพี่นางเธอ และสมเด็จพระเจ้าน้องยาเธอ เมื่อทราบว่าประทับอยู่เมืองนอกก็ตรัสทันทีว่า “เออ สิ้นเคราะห์ไปที”
เมื่อสถานการณ์รุนแรงขึ้น คณะผู้สำเร็จราชการแทนพระองค์สมเด็จพระเจ้าอยู่หัวอานันทมหิดล ขอให้สมเด็จฯ ทรงอพยพไปประทับ ณ ที่อื่นแทน สมเด็จฯ ปฏิเสธไม่ยอมไปที่ใดทั้งสิ้น พระราชทรัพย์ทั้งปวงก็ทรงทิ้งไว้ที่พระตำหนักในพระบรมมหาราชวัง ตรัสว่า “ให้หินหักอยู่กับใบโพธิ์” ครั้นทางรัฐบาลจะจัดที่ถวายให้พอสำหรับ 10 คน สมเด็จฯ ก็ไม่ตกลง ตรัสว่า “แล้วจะไปยังไงกัน 10 คน ฉันเป็นกุลเชษฐ์ ฉันยังมีลูกเลี้ยง มีน้อง ต้องหลบไปให้หมด ไปไหนก็ต้องไปด้วยกัน”
ต่อมา สมเด็จฯ ทรงยอมย้ายไปประทับที่โรงพยาบาลสมเด็จฯ ณ ศรีราชา โดยประทับที่พระตำหนักซึ่งยื่นออกไปในทะเล แต่เมื่อผ่านไป 3 เดือน ราวเดือนมีนาคม 2487 เครื่องบินสัมพันธมิตรก็มาทิ้งระเบิดที่เกาะสีชังและรอบๆ ไม่ห่างจากที่ประทับเท่าใดนัก ทำให้ดูน่าพรั่นพรึง จึงได้มีการกราบทูลให้ประธานคณะผู้สำเร็จฯ ทราบ เพราะพระองค์เจ้าอาทิตย์ทิพอาภา เคยตรัสสั่งไว้ว่า “ดีแล้ว ที่ประทับที่โรงพยาบาลสมเด็จต่อไป เพราะที่วังสระปทุมก็ไม่ปลอดภัยเสียแล้ว ถ้ามีเหตุอะไรให้เข้ามาบอก จะจัดการถวายใหม่” ดังนั้นเมื่อทรงทราบแล้ว ประธานคณะผู้สำเร็จฯ จึงตรัสว่า “ท่านปรีดีได้บอกไว้ว่าถ้าถึงคราวจะอพยพสมเด็จพระพันวัสสา ท่านปรีดีจะจัดถวายเอง” ท่านปรีดีที่ว่าก็คือ “นายปรีดี พนมยงค์” หัวหน้าขบวนการเสรีไทย ซึ่งเป็นผู้สำเร็จราชการแทนพระองค์คนหนึ่งด้วย
เมื่อถึงกำหนด นายปรีดีมารับเสด็จ และเชิญเสด็จลงประทับในเรือพระที่นั่งประพาสแสงจันทร์ นำเรือไปจอดที่นนทบุรีตรงข้ามกับเรือนจำบางขวาง 15 วัน เพื่อรอการจัดที่ประทับ ที่โรงพยาบาลจังหวัดพระนครศรีอยุธยา ระหว่างอพยพอยู่นี้ สมเด็จฯ ทรงมีพระราชหฤทัยนึกถึงสมเด็จพระราชนัดดาอยู่เสมอ ดังได้ตรัสว่า“ดีใจ๊..ดีใจ หลานอยู่เมืองนอก ไม่ต้องมาลำบากอย่างนี้ ไม่อย่างนั้น ฉันคงเอาตัวไม่รอด ห่วงหลาน”
ที่อยุธยา นายปรีดีและท่านผู้หญิงพูนศุข พนมยงค์ ภริยา ได้เข้าเฝ้าแหน กราบบังคมทูลซักถามถึงความสะดวกสบายอยู่เป็นนิตย์ มีกิริยาพาทีในเวลาเข้าเฝ้าเรียบร้อย นุ่มนวล นัยน์ตาก็ไม่มีวี่แววอันควรระแวงสงสัยถึงความไม่จงรักภักดีจากชายผู้เขียนประกาศคณะราษฎรผู้นี้ ส่วนท่านผู้หญิงพูนศุขนั้น ทางบ้าน “ณ ป้อมเพชร์” คุ้นเคยกับสมเด็จเจ้าฟ้าวไลยอลงกรณ์ กรมหลวงเพชรบุรีราชสิรินธร มาก่อน จึงไม่มีปัญหาในการเข้าเฝ้าเจ้านาย
โดยครั้งแรกที่นายปรีดีเข้าเฝ้าสมเด็จฯ นั้น ม.จ.อัปภัศราภา เทวกุล ผู้ควบคุมกระบวนเสด็จ กราบบังคมทูลว่า หลวงประดิษฐ์ฯ มาเฝ้า (เดิมนายปรีดีเคยเป็นหลวงประดิษฐ์มนูธรรม) สมเด็จฯ ไม่ทรงรู้จักคุณหลวงมาก่อนเลย จึงทรงเข้าพระทัยว่าหมายถึงหลวงประดิษฐ์บาทุกา (เซ่งชง) เจ้าของห้างทำรองเท้าที่มีชื่อเสียงแห่งหนึ่งในพระนคร ซึ่งเป็นผู้ที่ทรงพระกรุณาในเรื่องเงินทองอยู่เสมอ สมเด็จฯ จึงตรัสว่า “อ๋อ เขาเอาเงินมาใช้ฉันน่ะ”
โดยที่ต้องไม่ลืมว่าช่วงนั้นทรงเริ่มหลงๆ ลืมๆ ไปแล้ว ตามชราภาพที่ครอบงำ ม.จ.อัปภัศราภา จึงกราบบังคมทูลว่า “ไม่ใช่เพคะ … คนนี้เขาเป็นผู้แทนพระองค์พระเจ้าอยู่หัว” เมื่อสมเด็จฯ ยังคงสงสัยอยู่ ก็กราบบังคมทูลต่อไปว่า “สมเด็จเจ้าพระยายังไงล่ะเพคะ” สมเด็จฯ จึงทรงเข้าพระทัยทันที มีพระราชปฏิสันถารด้วยอย่างดี “มาซิ พ่อคุณ อุตส่าห์มาเยี่ยม” แล้วตรัสซักถามถึงที่พัก ครั้นเมื่อทราบว่าพักที่คุ้มขุนแผน ก็ทรงหันไปทางข้าหลวง ตรัสสั่งว่า “ดูข้าวปลาอาหารให้เขากินนะ”
เวลาเย็นๆ นายปรีดีจะเชิญเสด็จประทับรถยนต์ประพาสรอบๆ เกาะ วันหนึ่งมีกระแสพระราชดำรัสว่า “หลานฉันยังเด็กนะ ฝากด้วย” ผู้สำเร็จฯ ก็กราบบังคมทูลสนองพระราชประสงค์เป็นอย่างดีด้วยความเคารพ ทำให้ผู้ที่ชื่นชมก็ทวีความชื่นชมยิ่งขึ้น ผู้ที่เคยคลางแคลงสงสัยถึงความบริสุทธิ์ใจของนายปรีดี แกนนำคณะราษฎรผู้ก่อการเปลี่ยนแปลงปกครอง ก็เริ่มไม่แน่ใจตนเอง
วันหนึ่งที่วัดมงคลบพิตร จังหวัดพระนครศรีอยุธยา สมเด็จฯ ตรัสว่า “ฉันจะไปปิดทอง” แล้วเสด็จไปทรงซื้อทองที่วางขายอยู่ในบริเวณนั้น เมื่อเสด็จไปถึงองค์พระ ปรากฏว่าทรงปิดไม่ถึง นายปรีดีจึงกราบบังคมทูลว่า “ข้าพระพุทธเจ้าจะไปปิดถวาย” สมเด็จฯ จึงพระราชทานไป พร้อมตรัสว่า “เอาไปปิดเถอะ คนที่ทำบุญด้วยกัน ชาติหน้าก็เป็นญาติกัน” เล่าลือกันว่า กระแสพระราชดำรัสนั้นทำให้ผู้สำเร็จฯ ซาบซึ้งมาก พวกที่ชื่นชมก็สรรเสริญพระปรีชาสามารถในสมเด็จฯ ว่าทรงเปลี่ยนใจคนที่เคยเขียนประกาศประณามพระราชวงศ์ได้อย่างตรงไปตรงมา พวกที่เคลือบแคลงอยู่ก็ยังคงเฝ้าดูต่อไป
หลังจากประทับอยู่อยุธยาได้ 3 เดือน ก็ต้องอพยพมาประทับที่พระตำหนักในพระบรมมหาราชวัง เพราะเกิดพายุใหญ่พัดเอาหลังคาที่ประทับพัง แต่เมื่อประทับได้ 6 เดือน ก็ต้องตกพระทัยอย่างยิ่ง เพราะวันหนึ่งมีระเบิดลงที่พระที่นั่งบรมพิมานและพระที่นั่งพิมานรัถยา อันอยู่ขวาซ้ายของพระตำหนักไม่กี่เส้น นายปรีดี ซึ่งเวลานั้นเป็นผู้สำเร็จราชการแทนพระองค์เพียงคนเดียว จึงเชิญเสด็จหลบภัยไปประทับที่พระราชวังบางปะอิน ซึ่งมีพระบรมวงศานุวงศ์ตามเสด็จด้วยหลายพระองค์ โดยที่ต้องไม่ลืมว่า หลังแผ่นดินพระพุทธเจ้าหลวงแล้ว พระมหากษัตริย์รัชกาลถัดๆ มา ประทับนอกพระบรมมหาราชวังทั้งสิ้น อาคารต่างๆ ก็ทรุดโทรมลงไป ดัง ม.จ.อัปภัศราภา บรรยายว่า พระที่นั่งอมรพิมานมณี อันเป็นวิมานที่บรรทมของพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวทรุดโทรมหักพังมืดสนิท เป็นที่อยู่อาศัยของงูเหลือม ค้างคาว และพระที่นั่งสุทธาศรีอภิรมย์ อันเป็นที่ประทับของสมเด็จพระศรีพัชรินทรฯ ก็อยู่ในสภาพเดียวกัน
เมื่อย้ายมาที่พระราชวังบางปะอินนั้น ได้จัดให้ทอดเรือพระที่นั่งประพาสแสงจันทร์ให้เป็นประทับของสมเด็จฯ อยู่หน้าพระที่นั่งวโรภาษพิมาน พระองค์เจ้าพวงสร้อยสอางค์ประทับที่พระตำหนักของสมเด็จฯ พระองค์เจ้าประดิษฐาสารีประทับที่ตำหนักพระราชเทวี สมเด็จเจ้าฟ้ากรมพระยานริศรานุวัดติวงศ์ ประทับที่ตำหนักเก้าห้อง พระองค์เจ้าอาทรทิพยนิภา ประทับที่ตำหนักพระราชชายา ส่วนข้าราชบริพารก็พักตามเรือนเล็กตำหนักน้อยกันทั่วไป ขณะที่ ม.จ.พูนพิศมัย ดิศกุล และ ม.จ.พัฒนายุ ดิศกุล ประทับที่วัดนิเวศธรรมประวัติตรงข้ามพระราชวัง เนื่องจากได้เชิญเสด็จพระอังคารสมเด็จกรมพระยาดำรงราชานุภาพ หนังสือ และของต่างๆ มาไว้ที่นั่น
นับได้ว่าพระราชวังบางปะอินเป็นเขตพระราชฐานโดยแท้จริง ส่วนผู้สำเร็จฯ จอดเรือตะวันส่องแสงอยู่หน้าสภาคารราชประยูร อันเคยเป็นที่ประทับของสมเด็จพระบรมโอรสาธิราช เจ้าฟ้ามหาวชิรุณหิศ สยามมกุฎราชกุมาร
ฝ่ายชาวบ้านละแวกนั้น ได้ชวนกันมาเฝ้า หาอะไรมาถวายให้ทอดพระเนตร เพื่อทรงพระสำราญ บางวันก็มาแข่งเรือถวาย บางวันก็มาเล่นเพลงเรือถวาย บางคืนก็มารำวงถวาย สมเด็จฯ ก็พระราชทานผ้าห่ม เสื้อผ้าแก่คนเหล่านั้น เพราะของเหล่านี้ราคาแพงมากที่สุดในระหว่างสงคราม แต่นายปรีดีจัดหามาถวายจากองค์การจัดซื้อสินค้า คือร้านค้าของทางราชการในราคาถูก
มีครั้งหนึ่ง เครื่องบินของอังกฤษไปทิ้งระเบิดแถวบางปะอิน รุ่งขึ้นนายปรีดี ในฐานะหัวหน้าขบวนการเสรีไทย ต่อว่านายป๋วย อึ๊งภากรณ์ แกนนำเสรีไทยสายอังกฤษอย่างรุนแรง ในฐานะที่เขาเป็นผู้ส่งโทรเลขติดต่อระหว่างสัมพันธมิตรกับเสรีไทยในประเทศ ซึ่งนายปรีดีเคยให้นายป๋วยประสานงานไปก่อนแล้วว่าขออย่าให้มาทิ้งระเบิดที่พระบรมมหาราชวัง หรือวังที่ประทับของเจ้านาย นายป๋วยจึงส่งโทรเลขไปประท้วงกองบัญชาการทหารอังกฤษ ทางการอังกฤษโทรเลขตอบขอโทษกลับมา และรับรองว่าจะพยายามไม่ให้เกิดความพลาดพลั้งขึ้นอีก