ถึงแม้ละครบุพเพสันนิวาสจะจบไปแล้ว แต่เรียกได้ว่าประวัติศาสตร์ในสมัยสมเด็จพระนารายณ์มหาราชยังเป็นเรื่องที่น่าสนใจและน่าติดตามอยู่
หนึ่งในนั้นคือเรื่องราวการสวรรคตของสมเด็จพระนารายณ์มหาราชซึ่งในละครเผยให้เห็นว่าพระองค์ทรงพระประชวร จึงเสด็จสวรรคต แต่ที่จริงแล้วเรื่องนี้ยังเป็นข้อถกเถียงทางประัวัติศาสตร์กันอยู่ว่าจริงๆ แล้วสมเด็จพระนารายณ์สวรรคตด้วยเหตุใด
รศ.ดร.ปรีดี พิศภูมิวิถี นักวิชาการประวัติศาสตร์ เล่าให้ฟังถึงเรื่องนี้ระหว่างไปทัวร์ “ย้อนเวลาพาออเจ้าไปเฝ้าขุนหลวงนารายณ์ที่เมืองละโว้” จ.ลพบุรี กับ “มติชนอคาเดมี” ว่า การประชวรแล้วสวรรคต เป็นข้อสันนิษฐานข้อที่ 1 เท่านั้น ซึ่งเป็นข้อสันนิษฐานที่เบาที่สุดในบรรดา 3 ข้อสันนิษฐาน ผู้จัดและผู้สร้างละครเลือกสันนิษฐานนี้ให้พระนารายณ์สวรรคต แต่มีข้อสันนิษฐานอีก 2 ข้อซึ่งค่อนข้างแรง อันแรกคือโดนวางยาพิษ อันที่สองคือถูกพระเพทราชาทำให้สวรรคต ซึ่งถ้าเอาสันนิษฐานนี้มา เดี๋ยวภาพอาจจะดูไม่งามได้ จึงเลือกข้อที่เบาที่สุดไว้ก่อน คือ ทรงพระประชวร และสวรรคตในที่สุด
“อย่างไรก็ตาม ประเด็นนี้เป็นประเด็นถกเถียงทางประวัติศาสตร์มานานมากว่าสวรรคตด้วยพระโรคใดกันแน่ เอกสารชิ้นเดียวที่เชื่อว่าน่าจะมีเค้ามูลอยู่คือ พระราชพงศาวดารฉบับพันจันทนุมาศ (เจิม) ซึ่งเป็นพงศาวดารสมัยอยุธยาที่ชำระสมัยรัตนโกสินทร์ ระบุเอาไว้ว่า ตอนปลายรัชกาลมีพระอาการที่ไม่ปกติ แล้วในที่สุดออกพระเพทราชาและออกหลวงสรศักดิ์ให้เจ้าพนักงานเอามือออกจากพระศอ แล้วพระโอษฐ์ก็นิ่งสนิทไป เท่ากับว่าเสด็จสวรรคตด้วยพระอาการผิดปกติ”
ข้อความตรงนี้ตีความต่อไปว่า ท่านถูกทำให้สวรรคตด้วยการลอบปลงพระชนม์ ซึ่งจะขัดแย้งกันกับหมอฝรั่งที่รักษา เพราะหมอที่รักษาบอกว่าท่านถูกวางยาจากหมอจีน ซึ่งยังไม่สามารถพิสูจน์ได้
เหตุการณ์นี้เกิดขึ้นเมื่อ 11 กรกฎาคม 2231 ที่พระที่นั่งสุทธาสวรรค์ ก่อนหน้านั้น 1 เดือน ฟอลคอนถูกจับ และก่อนหน้านั้นในเดือน พ.ค. พระเพทราชาเริ่มคิดปฏิวัติ ซึ่งคิดที่จะปฏิวัติที่ตึกพระเจ้าเหา เพราะฉะนั้นการเมืองในท้ายรัชกาลสมเด็จพระนารายณ์จะเกิดที่ลพบุรีหมด อำนาจจะถูกแบ่งออกเป็นส่วนๆ โดยส่วนที่สำคัญที่สุดคือส่วนของพระเพทราชาและขุนนางอื่นๆ ที่ไม่ชอบฝรั่ง ส่วนฝรั่งเองก็แบ่งออกเป็นกลุ่มย่อยๆ คือ ฝรั่งกลุ่มฟอลคอน ฝรั่งกลุ่มนายพลเดฟาดจ์ ฝรั่งกลุ่มบาทหลวง ฝรั่งกลุ่มพ่อค้า ฝรั่งพวกนี้ต่างคนต่างเอาตัวรอดกันหมด ไม่มีใครรวมกันเป็นหนึ่ง ด้วยเหตุดังนั้นพระเพทราชาจึงฉวยโอกาสแบบนี้ปฏิวัติ